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El discurso del método se divide en seis partes.
En la primera parte, pone en duda todos los conocimientos aprendidos a lo largo de su educación.
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A través del segundo capítulo, se propone dudar de forma metódica y provisional de todo lo que le rodea. Expone así los fundamentos de su nuevo método, los cuales ha encontrado en la lógica, en el análisis geométrico y en el álgebra.
En la tercera parte, Descartes plantea que mientras deba a dudar de todo, tiene que crear una moral provisional que rija su vida.
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A lo largo de la cuarta parte (el capítulo clave del Discurso del método) Descartes desarrolla una nueva filosofía siguiendo las reglas del método que había expuesto en la segunda parte. Asi, el filósofo racionalista, podrá en práctica la duda metódica, es decir, duda de todo lo existente y esto le lleva al primer principio de su filosofía: cogito, ergo sum (pienso, luego existo) puesto que mientras piensa que todo es falso es absolutamente necesario que él piense y, por tanto, es alguna cosa y existe.
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En la quinta parte, realizará una explicación en relación a la formación del mundo organizándolo todo en torno al problema de la luz En la ultima parte, finalmente, establece una serie de reflexiones sobre el alcance de la investigación científica e cuestionando también la publicación de sus investigaciones evaluando argumentos a favor y en contra.